Este sitio consta de ecosistemas de humedales costeros como bosques de manglares salobres, bosques pantanosos de agua dulce y marismas y praderas húmedas. En los bosques pantanosos de agua dulce hay praderas de fanerógamas marinas y arrecifes de coral, entre los que se encuentra el coral cuerno de ciervo (Acropora cervicornis), en peligro crítico. Otras especies amenazadas son el murciélago Chiroderma improvisum y la tortuga verde (Chelonia mydas), ambas catalogadas como especies en peligro a escala mundial. Cuarenta y nueve especies de aves migratorias atraviesan el sitio cuando se dirigen a sus lugares de invernación en Sudamérica, entre estas el pelícano pardo (Pelecanus occidentalis). En el sitio se encuentran dos aves endémicas: la reinita plúmbea o chiple plomizo (Setophaga plumbea) y el pájaro carpintero de Guadalupe (Melanerpes herminieri). Se ha registrado la presencia de 261 especies de peces, de un total de 600 que hay en el Caribe. Algunas especies estudiadas viven en los manglares de forma sedentaria (14 %), mientras que las demás son de origen arrecifal o pelágico y solo permanecen allí de forma temporal (86 %). Los manglares ayudan a fijar los sedimentos, purifican el agua y contribuyen a la estabilidad costera en caso de marejadas ciclónicas o tsunamis. Entre los usos humanos están la agricultura tradicional a pequeña escala y la pesca en las zonas de manglares, así como el turismo. Entre las amenazas para la zona figuran la destrucción de manglares y arrecifes de coral, el vertido ilegal de desechos, la pesca excesiva y el aumento del tráfico de embarcaciones turísticas.